Την Κυριακή, 11 Νοεμβρίου 1956, μετά το τέλος της Θείας Λειτουργίας κατετέθη ο θεμέλιος λίθος από τον τότε μητροπολίτη Θήρας και μετέπειτα μητροπολίτη Καλαβρύτων κυρό Γεώργιο Πάτση.
Αν και είχαν γίνει προσπάθειες να τελέσει ο ίδιος ο Αρχιεπίσκοπος τη θεμελίωση του νέου ναού, τελικά τούτο δεν κατέστη δυνατόν. Κατά τη θεμελίωση παρίσταντο οι πολιτικές και στρατιωτικές αρχές του Πειραιά και πλήθος λαού. Ο τότε γραμματέας του συλλόγου ανεγέρσεως και μετέπειτα Εκκλησιαστικός Σύμβουλος, Ασημάκης Παυλόπουλος, μίλησε για τα επιτελεσθέντα έργα και τη σημασία της ανέγερσης ενός μεγαλυτέρου ναού. Στο διάστημα ανεγέρσεως του νέου ναού οι ιερές ακολουθίες ετελούντο στον παλαιό ναό μέχρι την κατεδάφισή του και μετά στο σημερινό υπόγειο πνευματικό κέντρο.
(Από το βιβλίο π. Δημητρίου Μπάτση, Ὁ Ἱερὸς Ναὸς Ἁγίου Νείλου Μυροβλύτου Πειραιῶς, Πειραιεὺς 2016, σελ. 52)
(Από το βιβλίο π. Δημητρίου Μπάτση, Ὁ Ἱερὸς Ναὸς Ἁγίου Νείλου Μυροβλύτου Πειραιῶς, Πειραιεὺς 2016, σελ. 52)