Μετά την ανοικοδόμηση του παλαιού ναού του Αγίου Νείλου, η «Αδελφότης Κυριών Άγιος Νείλος ο Μυροβλήτης» μετωνομάσθηκε σε «Φιλανθρωπικό και Χριστιανικό Σωματείον Άγιος Νείλος ο Μυροβλήτης», με σκοπό την ένδυση και υπόδηση πενήντα απόρων και ορφανών παιδιών[3]. Όπως θα δούμε και αργότερα, λόγω της αξιόλογης κατηχητικής κίνησης, δόθηκε μεγάλη σημασία στην σίτιση αλλὰ και την κάλυψη των αναγκών των απόρων παιδιών της ενορίας. Αργότερα με πρωτοβουλία του ιεροδιακόνου π. Δωροθέου Λαυριώτη ιδρύθηκε Λαϊκό ενοριακό ιατρείο επί της οδού Αντωνίου Θεοχάρη, στο οποίο προσέφεραν εθελοντική εργασία αρκετοί Πειραιώτες ιατροί χάρη στην μεσολάβησή του[4]. Εκεί παρέχονταν δωρεάν ιατρικές συμβουλές καθώς και φαρμακευτική περίθαλψη.
Στα επόμενα χρόνια επί προεδρίας Ε.Φ.Τ., του ιερομονάχου Δωροθέου Λυγνού (1959-1964) ανεπτύχθησαν πολύ αξιόλογες δράσεις με σκοπό την ανακούφιση του ανθρωπίνου πόνου. Όπως είδαμε στις καταστάσεις των βοηθουμένων από το Φιλόπτωχο Ταμείο, η εξαθλίωση ήταν τέτοια, ώστε πολλοί απ’ αυτούς έμεναν σε ... παράγκες. Τέτοιες λοιπόν δράσεις φιλανθρωπίας ήταν:
1) Γεύματα αγάπης και δώρα για τα άπορα παιδιά της ενορίας κατά τις εορτές των Χριστουγέννων και του Πάσχα με την παρουσία του Γενικού Αρχιερατικού Επιτρόπου της Ιεράς Μητροπόλεως Πειραιώς.
2) Παροχή ιματισμού, υποδήσεως, τροφίμων στους άπορους ενορίτες.
3) Ιατροφαρμακευτική περίθαλψη.
4) Η «Εστία Αγίου Νείλου», η οποία παρείχε συσσίτιο αλλά και οικονομική βοήθεια, όταν χρειαζόταν, σεάπορους ενορίτες μαθητές.
Βεβαίως, κύριοι συμπαραστάτες και αρωγοί στα έργα φιλανθρωπίας και ανακούφισης της ανθρώπινης δυστυχίας δεν ήταν άλλοι από τους ενορίτες, που και αυτοί, άνθρωποι φτωχοί και καταφρονεμένοι, προσπαθούσαν από το υστέρημά τους να συντρέξουν στον πονεμένο συνάνθρωπο ακολουθώντας τις εντολές του Κυρίου.
Στα επόμενα χρόνια, λόγω των εργασιών αποπερατώσεως του νέου ναού, οι φιλανθρωπικές δραστηριότητες περιορίσθηκαν στο μηνιαίο χρηματικό βοήθημα και στην χορήγηση τροφίμων τις παραμονές Χριστουγέννων και Πάσχα.
[2] Γιάννη Ε. Χατζημανωλάκη , Το λιμάνι του Πειραιά στη διαδρομή των αιώνων, Πειραιά 19933, σελ. 92.
[3] Στεφάνου Μίλεση, «Άγιος Νείλος Πειραιώς (ο Μυροβλήτης)», (ἀνακτήθηκε ἀπὸ: http://pireorama.blogspot.gr/2014/09/blog-post_5.html στὶς 22/6/2015).