Ο άγιος Ζαχαρίας χρημάτισε αρχικά εφημέριος και σκευοφύλαξ της Εκκλησίας της Κωνσταντινουπόλεως, και κατόπιν διαδέχθηκε τον πατριάρχη Ησύχιο στον θρόνο των Ιεροσολύμων (690). Κατά την τραγική άλωση της Αγίας Πόλεως από τους Πέρσες, στις 20 Μαΐου 614, ο άγιος Ζαχαρίας ματαίως προσπάθησε να μεσολαβήσει για να αποφευχθεί η λεηλασία. Προτιμώντας να πεθάνει παρά να εγκαταλείψει τον Τίμιο Σταυρό στα βέβηλα χέρια των ειδωλολατρών, εξορίσθηκε στην Περσία, και σε όλη τη διάρκεια της πεζοπορίας έσφιγγε στην αγκαλιά του το ένδοξο Τρόπαιο της Σωτηρίας μας.
Όταν έφθασαν στο Όρος των Ελαιών, ο άγιος στράφηκε προς την Αγία Πόλη και με δάκρυα στα μάτια είπε στους χριστιανούς αιχμαλώτους οι οποίοι επρόκειτο να σταλούν εξορία: «Ευλογητός ο Θεός που επέτρεψε να έλθει σε μας τέτοια τιμωρία! Θυμηθείτε, παιδιά μου, την μακροθυμία του Κυρίου και τα Πάθη που υπέφερε για μας. Ας σπεύσουμε λοιπόν να κρατήσουμε την πίστη και να τηρήσουμε τις εντολές Του, ώστε να μπορέσουμε να Του πούμε στην μέλλουσα ζωή: “Διά Σε, Κύριε, υπομείναμε την αιχμαλωσία, τον θάνατο και κάθε κακό εκ των χειρών των εχθρών ημών”. Τότε, παιδιά μου, θα κερδίσετε μεγάλη χαρά και ατελεύτητη ευφροσύνη, διότι υπομείνατε μια ελαφρά δοκιμασία»!
Όταν έφθασαν στην Περσία, ανέλαβε την πνευματική καθοδήγηση των εξόριστων και κέρδισε από τους Πέρσες κάποια ανακούφιση της καταστάσεως των αιχμαλώτων. Ανακρίθηκε από τον βασιλέα Χοσρόη Β’ και απέδειξε διά θαύματος την ανωτερότητα της χριστιανικής πίστεως έναντι της πλάνης των μάγων, και έπειτα έστειλε μια παρηγορητική Επιστολή στο ποίμνιό του που είχε μείνει στα Ιεροσόλυμά. Όταν ο νικηφόρος αυτοκράτορας Ηράκλειος ανέκτησε τον Τίμιο Σταυρό, ο άγιος Ζαχαρίας τον συνόδευσε στην Κωνσταντινούπολη και κατόπιν επέστρεψε στα Ιεροσόλυμα, οπού με τα ίδια του τα χέρια ύψωσε εκ νέου το Τίμιο Ξύλο, στις 22 Μαρτίου 631. Ανέλαβε πάλι το πηδάλιο της Σιωνίτιδος Εκκλησίας, την οποία κατά την απουσία του ποίμανε ο άγιος Μόδεστος [16 Δεκ.], ο οποίος τον διαδέχθηκε οριστικά όταν εκοιμήθη ο άγιος πατριάρχης Ζαχαρίας (632).
(Νέος Συναξαριστής της Ορθοδόξου Εκκλησίας, Φεβρουάριος, εκδ. Ίνδικτος, σ.238-239)