Ο άγιος Ευστάθιος γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη μεταξύ των ετών 1115 και 1135.
Τα πρώτα του γράμματα τα διδάχθηκε στην σχολή, ή οποία λειτουργούσε στην μονή της αγίας Ευφημίας, οπου και νωρίς έκάρη μοναχός. Έν συνεχεία όλοκλήρωσε τις φιλοσοφικές και θεολογικές του γνώσεις στην περιβόητη πατριαρχική σχολή. Το 1150 χειροτονήθηκε διάκονος της Μεγάλης Εκκλησίας (Αγίας Σοφίας) στην μονή του αγίου Φλώρου, από δπου έλαβε και την προσωνυμία Κατάφλωρος. Ήδη γνωστός όμως για την μεγάλη του μόρφωσι και την ρητορική του δεινότητα, αναγορεύθηκε δημόσιος διδάσκαλος της πατριαρχικής σχολής με τον τίτλο του μαγίστορος των ρητόρων. Στην διδασκαλία του άπεδείκνυε ότι ή ελληνική φιλοσοφία έγινε θεραπαινίς της χριστιανικής αληθείας. Λέγεται ότι τόσο εξαιρετικό ήταν το διδασκαλικό του χάρισμα, ώστε «πάσα ή φιλόλογος νεολαία της Πόλεως» συνωστιζόταν με ακόρεστη επιθυμία στην άκρόασι των μαθημάτων του, όταν δε έφευγε έμοιαζε με σμήνη μελισσών πού βγαίνουν μέσα από το κοίλωμα του βράχου.Αληθινός μοναχός ο ίδιος, ως πρώτιστο μέλημα του θεώρησε την άνόρθωσι του καταπεσμένου ηθικά και πνευματικά λαου και κλήρου και την βελτίωσι και έξύψωσι του μοναχικού βίου. Ό αυστηρός έλεγχος και η ανυποχώρητη στάσις του στις παρεκτροπές λαϊκών και μοναχών ερέθιζε τους παρεκτρεπομένους, οι όποιοι τον κατηγορούσαν, δημοσίως και επεβουλεύοντο την ζωή του. Οι καταγγελίες τους έφθασαν ώς την Κωνσταντινούπολι και ό άγιος αναγκάσθηκε προσωρινά να απομακρυνθή στην Φιλιππούπολη (1191). Έκεί συναντήθηκε με τον βασιλέα Τσαάκιο Άγγελο (1185-1195), ο οποίος τον εδικαίωσε χωρίς να τοΰ ζητήση απολογία. Επιστρέφοντας στον θρόνο του (1193) ο Ευστάθιος συνέχισε τις προσπάθειες του για την βελτίωσι της ηθικής καταστάσεως του ποιμνίου του, στηλίτευε κάθε μορφή κοινωνικής αδικίας, ενώ με πατρικό ενδιαφέρον περιέθαλπε τους πτωχούς και τους δυστυχισμένους, πού κατέφευγαν για βοήθεια στην μητρόπολη από πολύ πρωί μέχρις αργά το βράδυ, διαμοιράζοντας τους ο ίδιος όλα του τα υπάρχοντα.
Κατά την άλωσι της Θεσσαλονίκης άπό τους Νορμανδούς (Αύγ. 1185), ενώ θα μπορούσε να σωθή διά της φυγής, παρέμεινε στην πόλι συγκακουχούμενος με το ποίμνιο του και δεν έδίστασε να καταγγείλη δημοσίως την αδιαφορία και την αμέλεια του διοικητού της Δαβίδ Κομνηνού. Με σπαρασσόμενη καρδιά έβλεπε τις φοβερές σκηνές σφαγής και λεηλασίας του λαού και τις πρωτοφανείς βαρβαρότητες των Λατίνων εισβολέων. Ο ίδιος συνελήφθη από τους πρώτους. Με ύβρεις και κτυπήματα σύρθηκε δέσμιος ώς τα καράβια, περνώντας ανάμεσα άπό τα πτώματα των συμπολιτών του. Άντί να δειλιάση μπροστά στον βάρβαρο αρχηγό, τον κόμη Άλδουίνο, ο αδάμαστος ιεράρχης τόλμησε να του ζητήση ηπιώτερη μεταχείρηση του λαού, απαίτησε την κατάπαυσι των βιαιοπραγιών και πέτυχε την διατήρησι της λατρείας κατά το ορθόδοξο δόγμα. Επειδή οι εχθροί του διέδωσαν φήμες ότι ό άγιος έκρυβε πλούτο στην αρχιεπισκοπή, οι Νορμανδοί του ζήτησαν πολλά λύτρα. Μετά όμως άπό αυστηρή έρευνα αποδείχθηκε πώς ήταν πάμπτωχος και αφέθηκε ελεύθερος.
Όταν επανήλθε στην αρχιεπισκοπή, την βρήκε κατειλημμένη από Λατίνους και αναγκάσθηκε να έγκατασταθή στον κήπο, όπου παρέμεινε με συνεχή στέρησι των αναγκαίων ως την άπελευθέρωσι της πόλεως από τους Νορμανδούς (Νοέμ. 1185).
Ό άγιος Ευστάθιος έκοιμήθη εν ειρήνη το 1194. «Ολη ή πόλις έκλαυσε την απώλεια τοΰ ίεράρχου της, ό οποίος είχε αποβή για το ποίμνιο του «λαμπτήρ του βίου, πυρσός του λόγου και ήλιος της ιερωσύνης».
Ώς μάγιστρος της πατριαρχικής σχολής έγραψε σχόλια σε πολλούς κλασσικούς συγγραφείς και ποιητάς, ενώ το συγγραφικό θεολογικό έργο πού άφησε ώς άρχιερεύς αποτελείται κυρίως από εγκωμιαστικούς λόγους σε αγίους και πραγματείες ηθικού περιεχομένου, γραμμένες σε ύφος περίτεχνο.