Στα χρόνια μετά την κόιμηση του Οσίου Νείλου, το Άγιο Όρος γνώρισε μεγάλες περιπέτειες, καταστροφές και ερημώσεις οι οποίες σε συνδυασμό με τη διακοπή της μυροβλυσίας συνετέλεσαν στο να ξεχασθεί ο ακριβής τόπος ταφής του Μυροβλύτη Οσίου Νείλου. Άλλωστε, ας μην λησμονούμε ότι μετά την κοίμηση του Οσίου το σπήλαιο και γενικώτερα ο τόπος άσκησής του δεν βρήκε διάδοχο οικιστή. Παρ΄ όλα αυτά, ύστερα από μικρό χρονικό διάστημα και συγκεκριμένα από το 1653 και ύστερα, η περιοχή κατοικήθηκε από φιλέρημους ασκητές.
Στις αρχές του 19ου αι. ο Άγιος Νείλος εμφανίσθηκε σε κάποιον Καυσοκαλυβίτη μοναχό Θεοφάνη ή «Αιχμάλωτο», ο οποίος καταγόταν από την Καισάρεια της Καππαδοκίας. Ο Όσιος τον ελευθέρωσε από δαιμόνιο και τον εθεράπευσε από ανίατη ασθένεια. Η θαυματουργική αυτή επέμβαση έγινε γνωστή στο Άγιο Όρος με αποτέλεσμα πλήθος μοναχών και προσκυνητών να συρρέει στο σπήλαιο του Οσίου. Αυτό ώθησε τους Καυσοκαλυβίτες Πατέρες, να καθαρίσουν το παλαιό μονοπάτι που ήταν γεμάτο θάμνους, να ευτρεπίσουν το σπήλαιο ώστε να τελείται και πάλι η θεία μυσταγωγία στο ναΐσκο του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου. Αποφάσισαν δε να ανοικοδομήσουν έξω από το σπήλαιο ναό αφιερωμένο στον Άγιο. Καθώς έσκαβαν για να ανοίξουν τα θεμέλια και να διαμορφώσουν το χώρο, στις 7 Μαΐου του 1815, ανακάλυψαν τον τάφο και τα τίμια λείψανα του Αγίου από τα οποία ξεχυνόταν άρρητη ευωδία. Όπως αναφέρει ο θεοφιλέστατος Επίσκοπος Ροδοστόλου Χρυσόστομος: «Προκλήθηκε παναγιορειτική αίσθησις και ιδιαιτέρα συγκίνησις στην κυρίαρχο Μονή. Με ύμνους και δοξολογίες μετεκομίσθη στην Λαύρα του αγίου Αθανασίου όπου το υπεδέχθη η αδελφότης τελετουργούντος του εξορίστου Οικουμενικού Πατριάρχου Γρηγορίου του Ε΄» (Ἐπισκόπου Χρυσοστόμου Ροδοστόλου, Πρόσωπα καὶ Δρώμενα στὸν Ἄθωνα, σελ. 303.) . Με μανδύα, πετραχήλι και ωμοφόριο ο Πατριάρχης του Γένους υποδέχθηκε τα ιερά λείψανα, τα εναπέθεσε επί της Αγίας Τραπέζης του Καθολικού της Μονής και επικύρωσε και την αγιοκατατάξη του Οσίου . Με «λαμπάδες και θυμιάματα» και κωδωνοκρουσίες μεταφέρθηκαν τα λείψανα του Αγίου στη Μονή της Λαύρας, ενώ στο Κελλίο του έμεινε μόνο η ιερά σιαγόνα. Αναφέρει για την εύρεση των ιερών λειψάνων χαρακτηριστικά ο εγκωμιαστής του Αγίου, ιερομόναχος Προκόπιος Αγιοπετρίτης: «Πολλά δε θαύματα έγειναν τότε εις πολλούς, κατά την ανακομιδήν των ιερών του λειψάνων και εις πολλούς όπου έλαβον μέρος εξ αυτών, ιάσεις διαφόρων ασθενειών ετελέσθησαν.» (Προκοπίου Ἁγιοπετρίτου, Βίος καὶ ἀκολουθία τοῦ Ὁσίου Νείλου, σελ. 18.).
Η κάρα του Οσίου τοποθετήθηκε σε πολύτιμη λειψανοθήκη και ξεχωρίζει ανάμεσα στα άλλα λείψανα, μέχρι σήμερα, για τη θαυμάσια ευωδία της . Επίσης στο σκευοφυλάκιο της Μονής Μεγίστης Λαύρας φυλάσσονται πλέον και τα ιερά άμφια του Οσίου, δηλαδή το φαιλόνιον και το πετραχήλι. Σε σχετικά συντομο χρονικό διάστημα το σπήλαιο και το οσιακό μνήμα ευτρεπίσθηκαν, κατασκευάστηκε ο ναός του Αγίου καθώς και μία πέτρινη σκάλα για την διευκόλυνση των προσκυνητών κατά την μετάβασή τους στο σπήλαιο .
Από το βιβλίο π. Δ. Ε. Μ., Ὁ Ἱερὸς Ναὸς Ἁγίου Νείλου Μυροβλύτου Πειραιῶς, Πειραιεὺς 2016, σελ. 36-37.
