Το 1923 τα Δωδεκάνησα περνούν στην κυριαρχία των ᾽Ιταλών με πρώτο κυβερνήτη τον Μάριο Λάγκο. O Ιταλός κυβερνήτης τα πρώτα διατάγματα που έβγαλε είχαν ως στόχο την απόπειρα αλλοίωσης της εθνικής συνείδησης και εξιταλισμού των Δωδεκανησίων. Σύμφωνα με διάταγμα του 1925, οι κάτοικοι θεωρούνταν᾽Ιταλοί πολίτες, ενώ το 1926 ορίστηκε σχολικός κανονισμός βάσει του οποίου η διδασκαλία της ιταλικής γλώσσας ήταν υποχρεωτική, ιδρύθηκε δε Διδασκαλείο για την εκπαίδευση των δασκάλων. ᾽Από το 1929 για την άσκηση ενός επαγγέλματος που απαιτούσε πανεπιστημιακές σπουδές, έγινε υποχρεωτική η φοίτηση ή τουλάχιστον η μετεκπαίδευση στο Πανεπιστήμιο της Πίζας˙ για να διευκολύνει τη φοίτησή τους τους έδινε υποτροφίες.
Παράλληλα, έγινε προσπάθεια να αποδυναμωθεί η ᾽Ορθόδοξη ᾽Εκκλησία. Στην αρχή με διάταγμα του 1926 η ᾽Ορθόδοξη εκκλησία έχασε την εποπτεία των κοινοτικών σχολείων. Το 1928 ιδρύθηκε αρχιεπισκοπή της Καθολικής εκκλησίας με έδρα τη Ρόδο κι αμέσως ενισχύθηκε ο ρόλος της στην εκπαίδευση. Την εποχή εκείνη στα Δωδεκάνησα όπως είναι φυσικό η διδασκαλία στα σχολεία γινόταν στην ιταλική γλώσσα με αποτέλεσμα τα ελληνόπουλα να κινδυνεύουν να μη μιλούν τα ελληνικά.
Το γεγονός αυτό δεν άφησε αμέριμνο τον π. ᾽Αμφιλόχιο. 'Η ελληνική του συνείδηση δεν του επέτρεπε να μείνει αδρανής γι᾽ αυτό αποφάσισε να κάνει ο,τι έκανε η εκκλησία κατά την τουρκοκρατία˙ ίδρυσε κρυφά σχολεία.
Με την προτροπή του δημιουργήθηκαν σε όλα τα νησιά κατηχητικά σχολεία στα οποία τα ελληνόπουλα μαζί με την ορθόδοξη κατήχηση διδάσκονταν την ελληνική γλώσσα και την ιστορία.
Oι Ιταλοί κατακτητές, αντίθετοι στην εκλογή του ως ηγουμένου της Μονής του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου και ενοχλημένοι από την ίδρυση της Ιεράς Μονής του Ευαγγελισμού, οι μοναχές της οποίας σύμφωνα με την επιθυμία του Γέροντος θα εργαζόταν «εν τη κοινωνία διά την διάδοσιν της χριστιανικής αληθείας και την εξάσκησιν της φιλανθρωπίας», τον εξόρισαν στην ηπειρωτική Ελλάδα.(2)
'Η μακαριστή Παιδαγωγός Μαρία Πετρούτσου γράφει για την περίοδο αυτή:
«Συνδεθήκαμε ιδιαίτερα με τον π. ᾽Αμφιλόχιο καθώς συνεργαστήκαμε στο «Κρυφό Σχολειό» όταν το 1937 η ᾽Ιταλική Κυβέρνηση κατάργησε την 'Ελληνική Παιδεία και στα σχολεία τα 'Ελληνόπουλα της Δωδεκανήσου διδάσκονταν μόνο την ᾽Ιταλική γλώσσα.
'Ο Γέροντας υπήρξε τότε για μένα το στήριγμα, ο απεσταλμένος του Θεού κι ο σοφός συμπαραστάτης. ῞Οταν η δική μου συνείδηση επαναστατούσε για τα όσα ήμουν υποχρεωμένη να λέω ή να κάνω στο δημόσιο τότε Σχολείο, όταν άγρια τρικυμία αναστάτωνε το είναι μου, έτρεχα στο Γέροντα να βρω ανακούφιση. «Δεν αντέχω άλλο, Γέροντα!», του έλεγα με λυγμούς, «θα παραιτηθώ!». ᾽Εκείνος, με άκουγε ψύχραιμος, αλλά κατά βάθος υπέφερε μαζί μου. Μου έλεγε: «῎Ε, ε! Να παραιτηθείς, Μαρία! Να μείνουν τα ελληνόπουλα μόνα τους μαζί με τους ᾽Ιταλούς δασκάλους (ήμουν η μοναδική ελληνίδα στο δημόσιο σχολείο). ᾽Εσύ θα ησυχάσεις κι εκείνα δεν θα βλέπουν πιά έναν άνθρωπο δικό τους να βρίσκεται κοντά τους!». ῎Ετσι, με βοηθούσε να βλέπω το βαθύτερο νόημα του σταυρού μου και να τον αισθάνομαι ελαφρύτερο. ῞Οταν ήταν αργία, πήγαινα με τα παιδιά στην εξοχή για να μαζέψουμε χόρτα και αγριολούλουδα, με σκοπό να περάσουμε κι από την Μονή του Ευαγγελισμού για να τον συναντήσουμε, να τα συμβουλέψει, να τα εξομολογήσει. 'Η Γερόντισσα της Μονής του Ευαγγελισμού, Ευστοχία, μας μάθαινε τραγούδια εθνικού και θρησκευτικού περιεχομένου και εκκλησιαστικούς ύμνους. Μερικοί τους έλεγαν ότι οι επισκέψεις μας εκεί στο Μοναστήρι ήταν επικίνδυνο πράγμα. ᾽Αλλά εκείνοι δεν λογάριαζαν τίποτα.
'Η πατρίδα μας οφείλει πολλά στον Γέροντα της Πάτμου, π. ᾽Αμφιλόχιο, για τη δράση του κατά την περίοδο της ᾽Ιταλικής κατοχής. 'Ο Γέροντας, όχι μόνο με την ίδρυση «κρυφών σχολείων» αλλά και με τις συμβουλές και κυρίως με το παράδειγμά του κράτησε ζωντανό το εθνικό φρόνημα των κατοίκων των Δωδεκανήσων και αναπτέρωσε τις ελπίδες τους ότι σύντομα τα νησιά θα ενωθούν με τη μητέρα πατρίδα, την 'Ελλάδα.
Πολύ θλίβονταν όταν αντίκριζε από την Πάτμο τα βουνά της Μικράς Ασίας όπου υπάρχουν οι επτά σβησμένες Λυχνίες της ᾽Αποκαλύψεως, δηλαδή η Εφεσος, η Σμύρνη, η Πέργαμος, τα Θυάτειρα, οι Σάρδεις, η Φιλαδέλφεια και η Λαοδίκεια. 'Η μόνη Λυχνία που ήταν αναμμένη ήτανε η Λυχνία της ᾽Αποκαλύψεως (στην Πάτμο).
Σε ομαδα προσκυνητών είπε: «Εχουμε ένα ανεξόφλητο χρέος πρώτα προς τους κρυπτοχριστιανούς απέναντι οι οποίοι περιμένουν μέχρι τώρα κάτι από εμάς και δεύτερο στον τουρκικό λαό ο οποίος στο σύνολό του μάλλον περίπου κατά το 50% είναι ῞Ελληνες εξισλαμισθέντες.
Ο π. Αμφιλόχιος πίστευε ακράδαντα πως η 'Ελλάδα μπορούσε να παίξει σπουδαίο ρόλο στις μέρες μας, διότι η πανοπλία της είναι η ᾽Ορθόδοξη πίστη μας η οποία, μόνον αυτή, μπορεί να δώσει ζωή στην πεθαμένη πνευματικά Ευρώπη και στην ταλαιπωρημένη Μικρά Ασία και όχι ο καλπάζων τεχνικός πολιτισμός.
