Ο άγιος Μιχαήλ καταγόταν από τις Χώνες της Φρυγίας και προερχόταν από μία εκ των πλέον επιφανών οικογενειών του τόπου (1138). Μαθήτευσε πρώτα κοντά στον μητροπολίτη Νικήτα, κατόπιν σπούδασε στην Κωνσταντινούπολη υπό την καθοδήγηση του αγίου Ευσταθίου, του μελλοντικού μητροπολίτη Θεσσαλονίκης [20 Σεπτ.], ο οποίος του ενέπνευσε την αγάπη του για τον Όμηρο και τον Πίνδαρο. Εισήλθε έπειτα στην πατριαρχική αρχιγραμματεία, όπου οι ικανότητες του εκτιμήθηκαν και εξελέγη μητροπολίτης Αθηνών (1182), που κατά τους χρόνους εκείνους είχε καταντήσει μικρή πολίχνη, θύμα συχνών πειρατικών επιδρομών και της οποίας ο λαός είχε περιπέσει σε αθλιότητα, τόσο υλική όσο και πνευματική.
Ξεκίνησε με την αναμόρφωση τού κλήρου, εξασφάλισε από τον αυτοκράτορα φορολογικές ελαφρύνσεις που τον κατέστησαν δημοφιλή και επέκρινε την τοπική αριστοκρατία για την φιλοχρηματία της και την αδιαφορία της για τα συμφέροντα της επαρχίας. Όταν ο ηγεμόνας της Κορινθίας και Αργολίδος, Λέων Σγουρός, επωφελούμενος από την Τέταρτη Σταυροφορία (1204) που προκάλεσε τον διαμελισμό της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας πολιόρκησε την Αθήνα, ο άγιος Μιχαήλ οργάνωσε την αντίσταση στην Ακρόπολη, δεν μπόρεσε όμως να εμποδίσει την πυρπόληση της υπόλοιπης πόλης. Λίγο αργότερα, όταν η Βασιλεύουσα αλώθηκε από τους Σταυροφόρους, η Αθήνα βρέθηκε επικεφαλής ενός φραγκικού Δουκάτου εξαρτημένου από τον βασιλέα της Θεσσαλονίκης, Βονιφάτιο τον Μομφερρατικό.
Εμποδιζόμενος να ασκήσει ελεύθερα τα ποιμαντικά του καθήκοντα, ο άγιος Μιχαήλ κατέφυγε μετά από διάφορους σταθμούς στην Κέα των Κυκλάδων (1207), αρνούμενος την πρόσκληση του αυτοκράτορα Θεόδωρου Λάσκαρη να τον συναντήσει στην Νίκαια. Από την εξορία του εξακολούθησε να παρακολουθεί τις υποθέσεις της Εκκλησίας και να ενδυναμώνει το ποίμνιό του με επιστολές. Καταβεβλημένος από την κακή κατάσταση της υγείας του, αποσύρθηκε στην Μονή Προδρόμου της Βουδονίτσας στις Θερμοπύλες (1217) γλυτώνοντας την τελευταία στιγμή από τους Φράγκους βαρόνους, που υποπτεύονταν ότι είχε περάσει στο πλευρό των εχθρών τους. Στο μοναστήρι αυτό παρέδωσε την ψυχή του στον Κύριο (1222). Αμέσως σχεδόν τιμήθηκε ως άγιος στην Αττική.
